L'aventure commence dans les îles Orange. Nos amis sont sur un bateau, envoient tous leurs Pokémon mais une tempête éclate et le bateau chavire vers une île mystérieuse. Pikachu ressent soudain un déséquilibre naturel et est très inquiet de l'avenir.

Pendant ce temps, au Bourg Palette, le professeur Chen passe saluer Délia (la mére de Sacha) et soudain la pluie arrive, et au loin, on apercoit, trois couleur qui ce succéde les une aprés les autre : le rouge, le jaune et le bleu, puis la pluie s'arrete, le professeur chen est trés inquiet, tout les Pokémon se dirige vers la direction de l'archipelle orange.

Quand a Sacha et ses amis, ils arrivent sur l'île Shamouti. Et la Team Rocket à bord de son Magicarpe sous-marin entre en collision avec une falaise. Jacki effrayé alerte ses amis, ils voient un groupe d'indigènes. Mais en fait, la fille qui conduit le bateau connait ces gens, elle présente Sacha et ses amis a tout le monde, puis un veille homme raconte ancienne prophétie qui dit que le prochain dresseur Pokémon sera l'élu et il devra retrouver 3 sphères sacrées qui sont sur les île de chacun des trois titan. Mélodie suit alors cette tradition et embrassa alors sur la joue de Sacha. Elle rend alors Ondine très jalouse mais n'avoue pas quelle aime Sacha, au contraire, elle s'énérve quand Mélodie lui demande si elle est la petite amis de Sacha.

Nos amis arrivent au village, la fête de la légende commence, alors Mélodie qui joue le role de la princesse joue de la flûte et demande à Sacha de retrouver 3 sphères sacrées situées sur l'île de feu, de glace et de foudre. Sacha se précipite pour les retrouver. Pikachu se met alors à voler sa casquette l'incite à le suivre.

Ondine, Jackie et Mélodie sont restés sur l'île. Sacha part alors avec celle qui l'a conduit jusqu'ici et arrive après une terrible tempête en mer sur l'île de feu. Pikachu continue toujours à courir et Sacha est curieux de savoir ce qui lui arrive.

Il arrive alors devant un autel, sur lequel il y a la sphére de feu. Pikachu demande à Sacha de la prendre. Mélodie inquiète, court alors pour rejoindre Sacha, suivie de Ondine et de Jackie ainsi que la Team Rocket qui sont embarquer clandestinements sur le bateau de la soeur de Mélodie, Ils se retrouvent sur l'iles de feu, mais la Team Rocket s'envole et attéri sur le chemin que Sacha a pris pour arrivez devans la sphére de feu. Sacha voit la Team Rocket raconter leur dévise mais le bateau de Mélodie arrive en volant.

Soudain Electhor surgit sur l'île, et vient paralyser tout le monde, Pikachu tente de communiquer avec Electhor. Electhor explique qu'il est à présent le maître de l'île de feu. Le vaisseau bizarre du collectionneur arrive et absorbe toute l'électricité de Electhor et tente de le capturer avec succés, mais Sacha et ses amis et aussi ses ennemis (la Team Rocket) se font capturer aussi

Nos amis sont prisonniers et voient Sulfura et Electhor. Le collectionneur arrive et libére Sacha, ses amis et ses ennemis, puis Sacha et ses amis se mette en tête l'idée de délivrer Sulfura et Electhor

Une fois Sulfura délivrer grace à Pikachu, Dracaufeu, Carapuce et Bulbizarre, Sulfura délivre Elécthor et détruise le vaisseau bizarre du collectionneur, Sacha et ses amis ainsi que la Team Rocket s'enfuient et Sacha trouve la sphére de Foudre

Nos amis décident de partir en bateau mais Lugia surgit et envoie l'attaque Syphon qui emmène le bateau vers un Pokémon parlant : Roigada. Ce dernier demande à Sacha de mettre les sphères dans l'autel, puis lui fait remarquer qu'il lui en manque une

Lugia essaie de calmer les 3 oiseaux légendaires. Mais ils sont furieux, l'harmonie qui régnais entre ces trois oiseaux est perdue, eux 3 combattent Lugia. Mais ce dernier est battu par ces 3 oiseaux. Mélodie, entendant l'air de Lugia, joue à son tour la flûte. Lugia parvient à se régénérer grace a la musique de la flute et demande à Sacha d'aller chercher la sphère de glace. Ce dernier ayant cru que tout cela n'étant qu'une légende, se sent incapable d'être le sauveur du monde. Tous le monde lui demande de le faire. Même ses Pokémon finissent par lui demander de le faire. Sacha part alors tout de suite vers l'îles de glace

La Team Rocket qui au début s'est retournée contre lui décide de l'aider en employant un transport plus vite pour arriver vers l'île, grace au radeau de sauvetage et a l'hélice de l'hélicoptére des journaliste et du Prof Chen, qui s'est écraser sur l'îles, Sacha, arrive a récupérer la 3éme sphére.

Lugia pendant ce temps, empêchent les 3 oiseaux de couper la route à Sacha. Tous les Pokémon de Sacha sont à bout de force, mais l'aéro-glisseur de la Team Rocket est endommager, ils doivent repartir à pieds mais Lugia vient demander à Sacha de grimper sur son dos. La Team Rocket aussi accroché abandonne et lâche pour que Lugia puisse prendre de la vitesse. Lugia et Sacha vole vers l'autel mais le collectionneur veux capturer Lugia, il fait une Aéroblast et neutralise la vaisseau du collectonneur et met KO les 3 Titan, il finit par tomber dans l'eau.

Sacha est à bout de force. Il tient à peine debout mais ne renonce pas à sa mission. Il parvient à poser la dernière sphére. Mélodie joue le chant de Lugia grace a la flute.

Lugia remercie encore Sacha, la mère de Sacha qui était aussi dans l'hélicoptére le gronde mais ses amis disent qu'il a sauvé la planète entière.

Délia est inqiuète pour son fils, Puis elle retourne à la maison. Et nos amis doivent continuer leur route dans l'archipel Orange.