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 Histoire:
Il y a bien longtemps, dans une petite ville du bord de mer appellée Alto Mare, vivait un vieux couple qui était seul, sans enfant...
Un jour ils trouvirent 2 enfants, un garçon et une fille.
Ce vieux couple aimait au plus profond leurs enfants, et n'auraient jamais souhaités les perdre.
Malheureusement, un sombre nuage s'installa sur Alto Mare, pour des raisons inconnues...
La mère de ces deux enfants se promennaient avec eux en ville, en direction de leur domicile, quand soudain un éclair maléfique frappa la mère, qui mourrut sur le coup...
Les deux enfants se mirent à pleurer leur mère, et comme la légende le dit (ça s'est vu dans Pokémon 1 ou le retour de Mewtwo), "Les larmes venues du coeur ont des pouvoirs extraordinaires !"...
Juste après leur mort, un second éclair frappa les deux enfants, et furent eux aussi tués sur le coup...
Mais leur tristesse et leur larmes se mirent à former une sphère bleue, la "Larme venue du coeur"...
Cette sphère aux pouvoirs magiques ressussita les deux enfants en Pokémon : Latias et Latios... Depuis, ce sont les gardiens d'Alto Mare.
Le film commence alors avec deux femmes étranges qui lisent dans un ancien livre l'histoire que je viens de raconter...
C'est Zanna et Lion, deux "espionnes" de la Team Rocket, enfermées en prison, et qui ne désirent qu'une seule chose :
S'emparer de la larme venue du coeur et se servir de ses pouvoirs mystiques pour diriger le monde.
A l'intérieur du livre, trouvé à la bibliothèque, elles trouvent toutes les informations necessaires, censées les ammener au trésor qu'elles recherchent.
Peu de temps après, elles qui sont en prison, sont libérées par la Team Rocket, et sont désormais prêtes à assouvir leur vengeance !...Sacha, Pierre et Ondine arrivent dans une nouvelle ville du monde de Johto, Alto Mare, où ils décident de s'y arrêter pour faire un petit concours de chars aquatiques, a l'occasion d'une grande fête anuelle : La fête de Latios.Ce concours est une occasion rêvée qui permettra à Sacha et Ondine d'entraîner et booster la vitesse de leur Pokémon.Sacha, qui utilise Kaiminus, et Ondine, qui utilise Corayon, commencent bien la course en étant en tête, suivis d'une dresseuse de Wailmer (le Pokémon Baleine).Soudain, le Kaiminus de Sacha est distrait par une ombre à moitié invisible, et arrête la course... Sacha est donc disqualifié.Kaiminus sort de la course, et poursuit l'ombre.
Pendant ce temps, Ondine arrive en première position, et reçoit le trophée bien mérité...Ils la perdent de vue, mais recontrent une jeune fille, et Sacha est prêt à l'interroger pour savoir si elle a vue l'ombre, mais celle-ci ne dit rien et s'enfuit. En essayant de la poursuivre, Sacha se fait attaquer par la Team Rocket qui désire plus que tout avoir Pikachu... Comme d'habitude, ils se font ratatiner, et Sacha poursuit sa route à la recherche de l'ombre ou de la fille.Il revoit la même fille, mais cette fois-ci avec une casquette blanche... cette dernière n'a pas l'air d'apprécier que l'on la confonde avec quelqu'un d'autre, Sacha s'excuse alors et décide d'aller se reposer de cette course-poursuite dans un jardin à côté...Comme par hasard, il rencontre la même jeune fille avec la casquette blanche, mais cette fois-ci très mécontente contre Sacha... Puis une jeune fille identique intervient pour protéger Sacha. Il ne rêve pas : Il y a bien deux filles identiques !Seulement, une d'entre elle se transforme en... Latias !Un vieux monsieur qui se ballade dans le coin, arrive alors, accompagné de Latios, et explique que la fille que Sacha a rencontré n'est autre qu'une des gardiennes de la cité des eaux.Zanna et Lion interviennent et réussissent à capturer Latias à l'aide de leur Mentali et leur Migalos !Latios et Latias sont liés mentalement, donc Latios arrive à retrouver la position de Latias, et téléporte Sacha et Pikachu tout près de là où se trouvent Zanna et Lion. Seulement, arrivé là bas, elles ont finalement trouvés la larme venue du coeur, et s'en sont servis pour réssussiter d'anciens Pokémon dinosaures, comme un Kabuto géant.La première chose que Latios fait, c'est de dire à Sacha et à Latias, libérée sur le moment, de s'enfuir le plus loin possible.Eux sont poursuivis par Ptera et Kabuto, et refont une course de chars...Heureusement, Pierre et Ondine interviennent à temps et envoient Tarpaud et Nostenfer contre Kabutops et Ptera... les Pokémon fossiles sont vite envoyés au tapis ! :)Seulement, Zanna et Lion ont réalisés un voeux : Qu'un ras-de-marée envahisse la capitale des Eaux, Alto Mare !Ce voeu a pour effet de détruire la larme venue du coeur, et de ce fait, Zanna et Lion sont arrêtées par nos amis, et retournent donc en prison... Seulement, le ras-de-marée est près d'envahir Alto Mare, quand Latios utilise son pouvoir mental ultime : Le sacrifice.Il se sacrifie donc pour arrêter le ras-de-marée, et seul un esprit errant de Latios est retrouvé par Latias. Ce dernier, avant de dispraître à jamais, donne à Latias la seule chose qui lui reste : Son coeur.Latias garde alors le coeur de Latios, qui est en forme de boule spherique similaire à la larme venue du coeur.Latias conservera à jamais ce présent, et dit adieu à son frère. Après cette triste aventure, Latias dit adieu à Sacha et ses amis, vers une nouvelle aventure, pour la ligue Johto !
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