mewtwo contre attaque

Au fin fond d'un laboratoire de la Team Rocket sur l'île Neuve, un groupe de scientifiques a réussis, après une série d'échecs, à cloner et à amélioré Mew, le Pokémon légendaire. Ils baptisèrent leurs création, Mewtwo.
Mewtwo, comprenant qu'il n'est qu'une copie, une expérience de laboratoire et que ces créateurs le jugent comme tel, détruit dans un accès de colère le laboratoire et tuent tout les scientifiques.
Peu après, Giovanni, chef de la Team Rocket, atterrit en hélicoptère sur l'île qui n'est plus qu'un immense brasier, et propose à Mewtwo une association qu'il finit par accepter. Mais après une courte période de collaboration, Mewtwo comprend que Giovanni ne cherche qu'à l'exploiter, et s'enfuit, après avoir détruit la base de la Team Rocket dans laquelle il se trouvait.
Il retourne alors sur l'île neuve, cherchant un but à sa vie. Il décide également qu'il se vengera des humains, qui n'ont cherchés qu'à présent, qu'à l'exploiter.
Plus d'un mois s'est écoulé, et nous retrouvons Sacha, Pierre et Ondine, s'apprêtant à déjeuner au sommet d'une falaise au bord de la mer. Sacha se fait défier par un dresseur qu'il bat facilement, mais il ignore qu'on l'observe.
Alors que le petit groupe s'est mit à table, un Dracolosse coursier arrive à toute vitesse, au point d'en reverser la table, apportant un message à l'attention de Sacha. Celui-ci est invité à un tournoi organisé sur l'île Neuve par "le plus grand dresseur Pokémon du monde".
Sacha, enthousiaste, accepte, et lui et ses amis se dirigent vers le port où les attends le bateau qui les mèneront sur l'île, mais durant le trajet, une violente tempête éclate.
Une fois arrivés à l'embarcadère, ils ont la mauvaise surprise de découvrir, en même temps que les autres dresseurs présent, que suite au mauvaises conditions climatiques, aucun bateaux ne peut quitter le port.
Mais, ils ne se laissent pas abattre, et suivant l'exemple d'autres dresseur, ils décident de rejoindre l'île Neuve par leurs propres moyens, sauf qu'ils ont omis un petit détail, aucuns de leurs Pokémon n'est suffisamment robuste pour traverser une mer aussi déchaîné.
C'est alors, qu'une barque va à leurs rencontre, a son bord, se trouve deux vikings qui leurs proposent de les faire traverser. Mais alors qu'ils sont en route, une vague percute l'embarcation, dévoilant la véritable identité des vikings, il s'agit de Jesse, James et Miaouss.
Une seconde vague, plus puissante, renverse l'embarcation et tout le monde se retrouve à la mer. En utilisant leurs Pokémon et en nageant sous l'eau pour éviter la tempête, Sacha et co finissent par arrivé sur l'île où les attendait une femme, qui les fait pénétrer dans l'île.
Cependant, la Team Rocket pénètre dans l'île par les égouts, suivit à leurs insu par Mew.
Sacha et co arrivent dans une grande salle où ils rencontrent trois autres dresseurs et leurs Pokémon qui ont eux aussi réussi à traverser la tempête. Après les présentation, la femme leur annonce que son maître va arriver, maître qui se relève être Mewtwo. L'un des dresseurs s'insurge en voyant que leur hôte est un Pokémon. Mewtwo utilise ses pouvoirs psy pour l'envoyer dans un bassin. Le dresseur ordonne à son Leviator d'attaquer Mewtwo, mais celui-ci lui renvoi l'Ultralaser qui met KO Leviator. Mewtwo libère la femme, qui se relevé être une infirmière Joëlle, de son emprise, puis il expose son plan : Il veut anéantir à l'aide d'un ouragan les humains et les Pokémon, puis repeupler la Terre avec des Pokémon clones.
Pendant ce temps, la Team Rocket découvre le laboratoire de clonage où attendent des clones de Dracaufeu, Tortank et Florizarre, ils apprennent aussi l'origine de Mewtwo et Miaouss se fait cloner.
Dans la grande salle, un autre dresseur attaque Mewtwo avec son Rhinocorne qui se fait repousser. Sacha lance un défi à Mewtwo qui accepte. Les clones de Florizarre, Tortank et Dracaufeu se réveillent et rejoigne alors Mewtwo. Le dresseur au Rhinocorne appelle son Florizarre, la dresseuse présente appelle son Tortank et Sacha appelle Dracaufeu qui n'en fait qu'à sa tête et attaque Mewtwo, mais sans résultat. Mewtwo les amenés alors dans une arène, et après de court combats, les Pokémon des dresseur sont vaincus. Mewtwo lance alors une armées de Pokéball téléguidés qui capturent un par un tout les Pokémon des dresseurs pour les amener dans le labo, Sacha arrive à les suivre en poursuivant la ball qui a capturé Pikachu.
Dans le labo, les Pokémon sont un à un cloné sous les yeux de la Team Rocket, c'est alors qu'arrive Sacha, qui arrive à délivrer Pikachu sans n'avoir pu empêché son clonage. En libérant Pikachu, Sacha produit un court-circuit qui réveille les clones, libère les Pokémon capturés et détruit la machine à clonage.
Les clones rejoignent alors Mewtwo, suivit de peu par Sacha et les Pokémon. Sacha attaque Mewtwo qui l'envoie valser dans les airs, mais il se fait sauver par une sphère d'énergie de Mew.
Une terrible bataille s'engage alors entre les Pokémon et leurs clones et entre Mew et Mewtwo.
Les Pokémon s'effondrent, épuisés par le combat, et Sacha, tentant de s'interposer entre Mew et Mewtwo, se fait tuer en recevant de plein fouet, les attaques des deux Pokémon.
Pikachu tente de réveiller Sacha, mais en vain. Tout les Pokémon se mettent à pleurer, et c'est alors que leurs larmes conjuguent vers Sacha et lui rende la vie.
Mewtwo comprend alors son erreur, que aveuglé par sa colère et sa haine, il avait peut être mal jugé les humains.
Mewtwo et Mew s'en vont alors avec les Pokémon clones, et Mewtwo, jugeant utile qu'ils oublient cette aventure, efface la mémoire de Sacha et de toute les personnes présente.
Sacha, Ondine et Pierre se retrouve au port, sans savoir comment ils sont arrivés là, de même pour Jesse, James et Miaouss qui sont restés sur l'île Neuve, où le château de Mewtwo à Disparu