40 ans plus tard, nous retrouvons Sacha et ses amis vouant prendre un Ferry les conduisant à cette mystérieuse forêt. Sacha manque de rater le bateau à cause d’un match Pokémon mais parvient à monter à bord grâce à l’aide d’un jeune homme. Pendant le trajet ils croisent Suicune, mais ne le reconnaisse pas. Le jeune homme les conduit ensuite devant l’entrée de la forêt. A peine le groupe y a-t-il mis les pieds que Sam et Célébi apparaissent du passé qu’ils viennent de quitter. Une fois reposé, Sam leur confie qu’il essayait de sauver Célébi quand il est survenu ici, et convainc Sacha et son groupe de partir à sa recherche (car le petit pokémon s’est échappé à leur arrivée.) Il le retrouvent rapidement, complètement affaibli, et décide de le conduire à la ville la plus proche pour le soigner. Sur le chemin, ils rencontrent la Team Rocket (qui ne sert à rien sinon à nous faire rire) qui se fait rapidement dégager, et surtout Bisashu qui a passé ces 40 ans d’attente à construire une gigantesque araignée mécanique. Les enfants s’échappent rapidement, Bisashu lance Cisayox et Farfuret à leur poursuite et la Team Rocket se rallie à la cause du bad guy. Au terme d’un court combat, Sacha et Sam sont vainqueurs et se découvrent des points communs. (sauf que la pokéball de Sam est une sorte de balle en bois dont il faut tourner une valve pour l’ouvrir manuellement ; imaginez la tête qu’il fait quand il voit Sacha lancer tout simplement la sienne en l’air.) Après ces péripéties le groupe rencontre les Pokémon de la forêt qui pour aider Célébi les conduisent à un lac caché, le « lac de vie ». Après y avoir immergé Célébi, le petit Pokémon est complètement régénéré et utilise ses pouvoirs pour jouer avec ses amis, en volant dans le ciel avec eux. Il campe ensuite pour la nuit. Ils sont réveillés le matin en sursaut par Bisashu qui parvient à capturer Célébi dans sa Darkball. Célébi, maintenant hypnotisé commence à détruire la forêt et à s’en servir pour créer un gigantesque monstre qu’il contrôle de l’intérieur. Au moment où il s’apprête à détruire ses anciens amis, Suicune apparaît, sauve Sacha et Sam et les aide à atteindre le monstre. A l’intérieur, les deux garçons utilisent tous leurs talents de persuasion pour rappeler à Célébi les bons moments qu’ils ont passés… Finalement, au prix d’une longue bataille psychologique, Célébi détruit le monstre, mais, complètement affaibli par cette effort, s’écrase au sol comme une merde. Sacha tente de le rebaigner dans le lac de Vie mais ça marche pas, l’eau est devenue trop impure… Suicune apparaît alors, et repurifie l’eau . Ils tentent de le plonger de nouveau, mais c’est trop tard. Sacha, qui ne veut pas abandonner tente jusqu’à la fin de le nourrir avec ses baies préférées quand tout d’un coup les Célébi des autres époques (passé, passé proche, futur…) viennent et ressuscite le Célébi du présent. Célébi est tout en forme, et alors que tout le monde le salue, Bisashu surgit de l’eau et chope Célébi. Mais alors qu’il essaie de fuir par la voie des airs, Pikachu le fait exploser et il se fait arrêter par les animaux de la forêt. Ensuite Sacha dit adieu à Sam qui repart dans son époque, triste de quitter ce nouvel ami. Avant de prendre le ferry de retour, il téléphone au Prof. Chen qui lui remonte le moral. On voit ensuite le Prof Chen chez lui en train de regarder un carnet et le carnet est celui de Samuel, et on se rend ainsi compte que Samuel est en fait le professeur Chen avec 40 ans de moins.